Éric Ciotti, maire de Nice, accuse le ministre des Transports de l'avoir menacé et traité de « nabot » lors d'un échange à Nice à la mi-juin 2026, et porte plainte pour menaces et injure publique devant la Cour de justice de la République. L'entourage de Philippe Tabarot conteste cette version. La commission des requêtes classe la plainte « en l'état des seuls éléments contenus dans la plainte », qui n'était accompagnée d'aucune pièce ; ce classement ne tranche pas le fond.

Le parquet national financier mène une enquête préliminaire pour détournement de fonds publics, prise illégale d'intérêts et recel, à la suite d'un signalement de la Haute autorité pour la transparence de la vie publique en juillet 2021. Elle porte sur ses fonctions, entre 2018 et 2020, de directeur d'un groupement d'intérêt public touristique et culturel et de chargé de communication de la commune du Cannet, dirigée par sa sœur Michèle Tabarot de 1995 à 2017. Des perquisitions ont eu lieu le 30 novembre 2022. L'enquête est révélée en janvier 2025, peu après son entrée au gouvernement ; aucune poursuite n'est connue à ce jour. Toute personne mise en cause est présumée innocente tant qu'elle n'a pas été définitivement condamnée.